公元2021年，资料除了透过电脑输送外，还可利用人脑运输。专业运输员尊尼为了运送更多资料，不惜洗去自己的记忆。一次任务中，尊尼被客户输入过量资料，若他不在二十小时内找到输出密码，他便会倒毙。另一方面，日本集团为了夺取他脑内的资料，也对他展开一场大追杀。
民衆を煽り幕府への謀反を企む怪しげな新興宗教・白蓮教を調査していた狐の集団の当主・石動律花（山本千尋）。そこで、将軍からの任務を受けて現れた風魔忍者のお喬（宮原華音）と出会う。律花とお喬たちが立ち向かうべき敵は同じ、徳川家に恨みを持ち復興を願う、服部半蔵（ケイン・コスギ）率いる伊賀忍者たちであった・・・！！BLACKFOX の世界とSHOGUN’S NINJAの世界が交わる狐の集団 VS風魔忍者 VS 伊賀忍者の忍者大戦＝NINJA WARSが幕を開ける！！
